Hoe lang duurt een omgevingsvergunning flora en fauna aanvraag en wat zijn de kosten?
Leestijd: 6 minuten
Publicatiedatum: 29 juni 2026
Auteur: Sander Hartog
Je hebt een ecologisch onderzoek laten uitvoeren, er zijn beschermde soorten aangetroffen en nu moet je een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit aanvragen. Logische vervolgvragen: hoe lang duurt dat eigenlijk, en wat ga je daarvoor betalen? In deze blog geven we een helder overzicht van de doorlooptijd en de kosten, lichten we de verschillen tussen provincies toe en werken we een praktijkvoorbeeld uit van een aanvraag in Noord-Brabant.
Wie behandelt jouw aanvraag voor een omgevingsvergunning flora en fauna?
Voordat we naar termijnen en kosten kijken, eerst even dit… Wie precies jouw aanvraag behandelt, verschilt per project. In de meeste gevallen is de provincie het bevoegd gezag voor flora- en fauna-activiteiten. Gaat het om werkzaamheden op nationaal niveau (denk aan hoofdwegen, hoofdspoorwegen of het energie- en gastransportnetwerk) dan behandelt de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (RVO) de aanvraag.
Vraag je een omgevingsvergunning aan voor meerdere activiteiten tegelijk, bijvoorbeeld bouwen én een flora- en fauna-activiteit, dan is meestal de gemeente het aanspreekpunt. De gemeente vraagt in dat geval bij de provincie advies en instemming voor het onderdeel natuur. Dit heet een instemmingsbesluit, en het verloopt parallel aan de rest van je vergunningaanvraag.
> Lees meer over het verloop van een omgevingsvergunning aanvraag stap voor stap
Hoe lang duurt de procedure van een omgevingsvergunning flora en fauna?
Voor de standaard, reguliere procedure geldt een wettelijke beslistermijn van 8 weken na ontvangst van een volledige aanvraag. Het bevoegd gezag mag deze termijn eenmalig met 6 weken verlengen, wat de totale termijn op maximaal 14 weken kan betekenen.
Een paar belangrijke nuances:
Onvolledige aanvraag
Vraagt het bevoegd gezag om aanvullende informatie, dan wordt de behandeltermijn opgeschort tot het moment dat je de aanvulling hebt aangeleverd. Dit kan de daadwerkelijke doorlooptijd flink oprekken.
Meerdere bevoegde gezagen
Zijn er meerdere instanties bij je aanvraag betrokken, dan geldt een termijn van 12 weken in plaats van 8.
Instemmingsbesluit bij een gemeentelijke aanvraag
Vraagt de gemeente bij de provincie om instemming voor het onderdeel natuur, dan heeft de provincie daarvoor doorgaans 4 weken na het verzoek van de gemeente.
Natura 2000-activiteiten
Heeft je project mogelijk significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied (en valt dit onder een passende beoordeling) dan wordt de aanvraag behandeld via de uniforme openbare voorbereidingsprocedure (UOV). Voor deze procedure geldt een langere wettelijke beslistermijn tot zes maanden. Bij deze procedure wordt eerst een voorlopig besluit openbaar gemaakt. Anderen kunnen daar vervolgens op reageren. Is aanvullende informatie nodig, dan kan de behandeling tijdelijk worden opgeschort totdat alle benodigde informatie binnen is.
Een tip die vaak terugkomt: begin op tijd met het benodigde ecologische onderzoek. Sommige soorten, zoals vleermuizen of huismussen, zijn alleen in een specifiek seizoen te onderzoeken. Is het onderzoek onvoldoende onderbouwd, dan kan het bevoegd gezag de aanwezigheid van die soort niet uitsluiten, met als gevolg dat je aanvullende informatie nodig hebt voor je aanvraag. Reken daarom (zeker bij complexe projecten) op een langere voorbereidingstijd voordat de geplande werkzaamheden daadwerkelijk kunnen starten.
> Lees onze 5 tips voor een soepele vergunningaanvraag bij aantasting van beschermde natuur
Heb je hulp nodig bij je omgevingsvergunning flora en fauna?
We begeleiden je bij het volledige vergunningstraject, zodat je een compleet en grondig onderbouwde aanvraag kunt opleveren. Hierdoor kun je rekenen op een soepel en efficiënt proces.
Wat kost een omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteit?
Bij het aanvragen van een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit krijg je niet alleen te maken met ecologisch onderzoek en mogelijke mitigerende maatregelen, maar ook met administratieve kosten. Deze kosten staan los van de kosten voor een ecoloog of aanvullend vervolgonderzoek. Ze hebben uitsluitend betrekking op de behandeling van je vergunningaanvraag door het bevoegd gezag. Hoe hoog die kosten zijn, hangt af van wie jouw aanvraag behandelt en van de looptijd van de vergunning.
De kosten voor het beoordelen van je aanvraag heten leges. Bij aanvragen die via RVO lopen, geldt een vaste tabel, gebaseerd op de looptijd van de vergunning:
Looptijd vergunning
Tot 1 jaar
1 tot 3 jaar
3 jaar of langer
Leges
€ 600
€ 1.600
€ 3.000
Wil je een verleende vergunning later wijzigen, dan betaal je opnieuw leges tegen een lager tarief:
Looptijd vergunning
Tot 1 jaar
1 tot 3 jaar
3 jaar of langer
Leges wijziging
€ 150
€ 400
€ 750
Trek je je aanvraag zelf in voordat er een besluit is genomen, dan betaal je een deel van de leges, afhankelijk van het moment waarop je intrekt. Hoe eerder in het proces, hoe lager het bedrag doorgaans is.
Belangrijk: deze tabel geldt voor aanvragen bij RVO (2026). Provincies hanteren hun eigen legesverordening, en de exacte tarieven kunnen dus per provincie verschillen. Het is daarom altijd verstandig om bij de aanvraag te controleren welk legesbedrag van toepassing is op jouw specifieke situatie.
Wat zijn de verschillen tussen provincies?
De hoofdlijnen gelden landelijk en zijn dus in elke provincie grofweg hetzelfde, omdat ze rechtstreeks uit de Omgevingswet komen. Toch zijn er een aantal praktische verschillen tussen provincies.
Verschillen tussen provincies bij een omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteit aanvraag zijn:
- Vrijstellingen van de vergunningplicht, provincies kunnen via hun omgevingsverordening bepaalde activiteiten vrijstellen en uitzonderingen maken van de vergunningplicht. Zo gold in de provincie Utrecht lange tijd een vrijstelling voor de bunzing, wezel, hermelijn, haas en konijn, maar deze vrijstelling is sinds 1 september 2024 juist weer ingetrokken. Welke soorten en activiteiten precies vrijgesteld zijn, verschilt dus per provincie en kan ook in de tijd weer veranderen.
- Aanvullende richtlijnen per provincie, sommige provincies hebben uitgebreide handleidingen opgesteld met aandachtspunten bovenop de landelijke Kennisdocumenten. Dit zijn bijvoorbeeld specifieke aanwijzingen voor de tweekleurige vleermuis in hoogbouw of voor winterverblijf-zwermonderzoek bij oudere woningen.
- De mogelijkheid van vooroverleg, de meeste provincies bieden de mogelijkheid tot vooroverleg bij complexe of grootschalige projecten, maar de manier waarop je dit aanvraagt en wat je ervan kunt verwachten, verschilt per provincie.
- Legestarieven, zoals eerder benoemd stelt elke provincie haar eigen tarieven vast, de kosten kunnen dus per provincie verschillen.
Voor de meeste particulieren en kleinere projecten is het verschil tussen provincies in de praktijk relatief beperkt. De wettelijke basis van de Omgevingswet is overal hetzelfde. Bij grotere of complexere projecten is het wel aan te raden om de provinciale regels en richtlijnen goed door te nemen.
> Lees meer over wanneer je een omgevingsvergunning Flora- en Fauna-activiteiten nodig hebt
Praktijkvoorbeeld: een aanvraag in Noord-Brabant
Laten we een concreet voorbeeld doorlopen, om te laten zien hoe de doorlooptijd en kosten er in de praktijk uit kunnen zien. De situatie: Rosalie woont in Noord-Brabant en wil haar jaren 30 woning isoleren met spouwmuurisolatie. Tijdens de ecologische quickscan, die ze een jaar voor de geplande start van de werkzaamheden heeft laten uitvoeren, blijkt dat er waarschijnlijk een verblijfplaats van de gewone dwergvleermuis in de spouwmuur aanwezig is.
Stap 1: Soortspecifiek onderzoek (circa 3 maanden)
Omdat de quickscan de aanwezigheid van vleermuizen niet kan uitsluiten, volgt een verdiepend onderzoek. De ecoloog voert meerdere veldbezoeken uit in het actieve seizoen (mei tot en met september) en stelt vast dat er daadwerkelijk een vleermuisverblijf aanwezig is.
Stap 2: Vergunningaanvraag voorbereiden (circa 4 tot 6 weken)
Op basis van het onderzoeksrapport stelt de ecoloog een activiteitenplan op, hierin staat welke mitigerende maatregelen worden genomen (zoals het gebruik van exclusion flaps en/of het ophangen van vleermuiskasten als alternatieve verblijfplaats). Daarnaast wordt aangegeven in welke periode de werkzaamheden het beste kunnen plaatsvinden om verstoring te minimaliseren.
Stap 3: Indienen van de aanvraag via het Omgevingsloket
Rosalie vraagt (via de aannemer of zelf met hulp van de ecoloog) een omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteit aan bij de provincie Noord-Brabant. Omdat het om een eenmalige ingreep gaat met een beperkte looptijd, krijgt ze in dit scenario een vergunning met een looptijd van 1 jaar.
Stap 4: Beoordeling (8 tot 14 weken)
De provincie bevestigt ontvangst en start de reguliere procedure met een beslistermijn van 8 weken. Omdat de aanvraag in één keer compleet is aangeleverd, inclusief het activiteitenplan en het ecologisch onderzoeksrapport, wordt de termijn niet opgeschort. Na ruim 7 weken ontvangt Rosalie de vergunning.
Stap 5: Kosten
Voor een vergunning met een looptijd tot 1 jaar betaalt Rosalie €600 aan leges. Daarnaast heeft ze kosten gemaakt voor de quickscan en het soortspecifiek onderzoek, en voor de vleermuiskasten als compenserende maatregel.
Stap 6: Uitvoering
Twee weken voordat de werkzaamheden starten, meldt de ecoloog dit bij het bevoegd gezag samen met een ecologisch werkprotocol. Tijdens de uitvoering houdt de begeleidend ecoloog een logboek bij. Na afloop van de werkzaamheden volgt nog een eindmelding.
Van quickscan tot vergunning duurt het in dit voorbeeld ongeveer 6 tot 7 maanden. Was de quickscan pas vlak voor de geplande start van de isolatiewerkzaamheden uitgevoerd, dan had Rosalie waarschijnlijk moeten wachten tot het volgende actieve vleermuisseizoen om het soortspecifiek onderzoek te kunnen starten. Dit had al snel een half jaar extra vertraging als gevolg gehad.
Conclusie: De omgevingsvergunning in een notendop
Een omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteit kent een overzichtelijke wettelijke termijn: 8 weken voor een reguliere aanvraag, oplopend tot 6 maanden bij Natura 2000-activiteiten. Er zijn relatief beperkte legeskosten, oplopend van ongeveer €600 voor een eenvoudige aanvraag tot €3.000 bij een langlopende vergunning. Toch is de werkelijke doorlooptijd vaak langer dan deze termijnen alleen, simpelweg omdat het voorafgaande ecologische onderzoek seizoensgebonden is.
Daarom is de timing van je ecologisch onderzoek even belangrijk als de vergunningprocedure zelf. Begin je op tijd, dan verloopt je procedure vaak soepeler. Begin je te laat, dan kan een gemiste onderzoeksperiode al snel een half jaar extra vertraging betekenen, met bijkomende kosten voor herplanning en eventueel aanvullend onderzoek.
Twijfel je hoeveel tijd jouw project nodig heeft voor ecologisch onderzoek of heb je hulp nodig bij je omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteit aanvraag? Neem gerust contact met ons op voor vrijblijvend advies.
