Wanneer heb je een omgevingsvergunning Flora- en Fauna-activiteiten nodig?
Leestijd: 7 minuten
Publicatiedatum: 19 december 2025
Bijgewerkt op: 27 juli 2026
Auteur: Sander Hartog
Bouwen, slopen of renoveren lijkt vaak enkel een technische opgave, maar in de praktijk raak je ook bijna altijd de natuur. Vogels onder het dak, vleermuizen tussen de muur of beschermde planten in de bodem, ze zijn vaker aanwezig dan je denkt. Met de overgang naar de Omgevingswet zijn ook flora- en fauna-activiteiten in het vergunningenstelsel opgenomen. Dat roept een logische vraag op: Wanneer heb je een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten nodig?
Wat zijn flora- en fauna-activiteiten onder de Omgevingswet?
Sinds de invoering van de Omgevingswet (per 1 januari 2024) zijn activiteiten die invloed hebben op beschermde soorten samengebracht onder één wettelijk kader. De Omgevingswet is dan ook een zogenoemde kaderwet. Deze is aangevuld met onderlinge besluiten, zoals het Besluit activiteiten leefomgeving (Bal) en het Besluit kwaliteit leefomgeving (Bkl). Voorheen werd er gesproken over ontheffingen op basis van de Wet natuurbescherming, maar inmiddels spreken we over een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten.
Deze vergunning is bedoeld voor situaties waarin werkzaamheden kunnen leiden tot:
- Verstoring van beschermde diersoorten, denk aan veelvoorkomende gevallen zoals vleermuizen in spouwmuren, huismussen onder dakpannen of gierzwaluwen in gevels, maar ook andere beschermde vogels of zoogdieren.
- Beschadiging of vernietiging van vaste rust- of verblijfplaatsen, zoals nesten, overwinteringsplaatsen of vaste schuilplekken die door soorten jaar in, jaar uit worden gebruikt.
- Negatieve effecten op beschermde planten of leefgebieden, bijvoorbeeld bij grondwerkzaamheden, herinrichting van terreinen of het verwijderen van vegetatie waar beschermde plantensoorten voorkomen.
De wet gaat daarbij uit van het principe dat je schade dient te voorkomen waar het kan, beperken waar het moet en compenseren waar nodig.
De zorgplicht is altijd van toepassing
Ook als er géén vergunning nodig is, geldt altijd de zorgplicht. Dat betekent dat iedereen die werkzaamheden uitvoert verplicht is om schade aan flora en fauna zoveel mogelijk te voorkomen.
In de praktijk houdt dit in dat je:
- Vooraf nagaat of er beschermde soorten aanwezig kunnen zijn, bijvoorbeeld door een quickscan of door bestaande waarnemingen te raadplegen.
> Bekijk onze dienst: Ecologische Quickscan
- Werkzaamheden aanpast wanneer er risico’s zijn voor dieren of planten, zoals het verplaatsen van werkzaamheden buiten het broedseizoen of het sparen van bestaande habitats.
- Niet kunt volstaan met “onwetendheid”, omdat van uitvoerders en opdrachtgevers wordt verwacht dat zij actief rekening houden met de natuur en regelgeving.
Wanneer is een omgevingsvergunning wel of niet nodig?
Een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten is nodig wanneer je met je werkzaamheden beschermde soorten daadwerkelijk gaat verstoren of hun leefomgeving aantast. Dit kan aangevraagd worden bij het Omgevingsloket.
Dit kan bijvoorbeeld het geval zijn bij:
- Sloop of renovatie van gebouwen met vaste verblijfplaatsen, bijvoorbeeld wanneer vleermuizen of broedvogels gebruikmaken van dakranden, spouwmuren of gevels.
- Isolatiewerkzaamheden waarbij nest- of rustplaatsen verdwijnen, zoals spouwmuurisolatie of dakisolatie zonder voorafgaande ecologische beoordeling.
- Grondwerkzaamheden in gebieden met beschermde planten of dieren, bijvoorbeeld bij aanleg van infrastructuur.
- Herinrichting van terreinen waarbij leefgebieden worden aangetast, zoals het verwijderen van struiken, bomen of waterrijke gebieden die belangrijk zijn.
Het gaat hierbij niet alleen om directe schade, maar ook om verstoring van de functionele leefomgeving, zoals foerageergebieden, vliegroutes of andere onderdelen die essentieel zijn voor het voortbestaan van een populatie. Ook wanneer vaste rust- of voortplantingsplaatsen zelf behouden blijven, kan aantasting van deze functionele leefomgeving ertoe leiden dat een vergunning voor een flora- en fauna-activiteit nodig is.
> Lees meer over vergunningen en ecologie: waar moet je rekening mee houden?
Niet iedere ruimtelijke ontwikkeling of werkzaamheid waarvoor beschermde soorten een rol kunnen spelen, leidt automatisch tot een vergunningplicht. Of een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit nodig is, hangt af van de aard van de werkzaamheden, de aanwezigheid van beschermde soorten en de maatregelen die worden getroffen om negatieve effecten te voorkomen.
In de volgende situaties kan vaak zonder vergunning worden gewerkt, mits aan de geldende voorwaarden wordt voldaan:
- Uit ecologisch onderzoek blijkt dat er geen beschermde soorten aanwezig zijn, of dat de locatie ecologisch gezien geen risico’s oplevert.
- Werkzaamheden buiten kwetsbare perioden plaatsvinden, zoals buiten het broedseizoen of buiten de overwinteringsperiode van bepaalde soorten.
- Mitigerende maatregelen schade volledig voorkomen, bijvoorbeeld door tijdelijke beschermingen of het behoud van bestaande verblijfplaatsen.
- Wordt gewerkt binnen een goedgekeurd Soortenmanagementplan (SMP), waarin soortenbescherming gebiedsbreed is geregeld en afspraken al vastliggen.
> Lees meer over hoe een Soortenmanagementplan (SMP) projectontwikkeling versnelt
Ook in deze situaties blijft de algemene zorgplicht uit de Omgevingswet van kracht. Twijfel je of een vergunning nodig is, dan is het verstandig om dit vooraf te laten beoordelen door een ecoloog.
Verschilt een omgevingsvergunning flora en fauna per provincie?
De landelijke regels uit de Omgevingswet vormen de basis en gelden overal in Nederland. In de praktijk kunnen provincies en gemeenten behoorlijk van elkaar verschillen in hoe zij soortenbescherming invullen en handhaven.
De landelijke basis
De Omgevingswet, het Besluit activiteiten leefomgeving (Bal) en het Besluit kwaliteit leefomgeving (Bkl) bepalen welke soorten beschermd zijn en welke handelingen verboden zijn. Dit geldt voor heel Nederland, ongeacht in welke provincie je een project uitvoert. De vergunningplicht voor flora- en fauna-activiteiten vloeit hier direct uit voort.
Wat provincies zelf mogen bepalen
Provincies hebben onder de Omgevingswet een eigen rol gekregen als het gaat om natuur en soortenbescherming. Via de provinciale omgevingsverordening kunnen zij aanvullende regels opstellen. Dit kan zich uiten in:
- Provinciale vrijstellingen voor bepaalde soorten, voor sommige nationaal beschermde soorten kunnen provincies een vrijstelling verlenen voor bepaalde activiteiten, zoals beheer van groenvoorzieningen of agrarische werkzaamheden. Deze vrijstellingen verschillen per provincie.
- Eigen beleidsregels voor een omgevingsvergunning, provincies bepalen zelf hoe zij omgaan met aanvragen van een omgevingsvergunning en welke onderbouwing zij verwachten. Wat in de ene provincie als voldoende bewijs wordt gezien, kan in een andere provincie aanleiding geven tot aanvullende vragen of eisen.
- Aanvullende bescherming van provinciale natuur, zoals het Natuurnetwerk Nederland (NNN). Provincies kunnen via hun omgevingsverordening extra regels stellen voor activiteiten in of nabij deze gebieden, naast de landelijke regels voor soortenbescherming.
Wat dit betekent voor jouw project
Voor initiatiefnemers die in meerdere provincies actief zijn, of voor projecten die dicht bij een provinciale grens liggen, is het essentieel om niet alleen de landelijke wetgeving te kennen maar ook het provinciale beleid te raadplegen. Een ontheffing die in provincie A onder bepaalde voorwaarden wordt verleend, kan in provincie B een uitgebreidere onderbouwing vereisen of zelfs worden geweigerd op basis van strengere lokale regels.
Heb je hulp nodig bij aanvraag voor een omgevingsvergunning?
Onze ecologen ondersteunen je van de eerste ecologische beoordeling tot en met de volledige vergunningaanvraag. Zo weet je zeker dat je aanvraag compleet is, voldoet aan de geldende wetgeving en zo soepel mogelijk door het bevoegd gezag kan worden behandeld.
Veelgestelde vragen over een omgevingsvergunning
> Lees meer over hoe een omgevingsvergunning aanvraag stap voor stap verloopt
Ja, in sommige gevallen wel. Verschillende gemeenten en provincies bieden subsidies of stimuleringsregelingen voor natuurinclusieve maatregelen op bedrijventerreinen. Denk aan bijdragen voor groene daken, gevelbegroeiing of de aanleg van waterberging. Het aanbod verschilt per regio, dus informeer bij je gemeente of de provincie naar de mogelijkheden.
De geldigheidsduur wordt bepaald bij de verlening van de vergunning en is afhankelijk van de aard en omvang van het project. Voor kortlopende projecten geldt doorgaans een vergunning tot één jaar, voor langlopende projecten kan dat oplopen tot meerdere jaren. Een verlopen vergunning biedt geen bescherming meer.
De kosten bestaan uit leges die je betaalt aan het bevoegd gezag voor de behandeling van de aanvraag. Bij het RVO variëren deze van circa € 600 tot € 3.000 voor een langlopende vergunning. Daarnaast zijn er de kosten voor het ecologisch onderzoek en de begeleiding bij de aanvraag zelf. Die kosten variëren sterk per project en zijn afhankelijk van de omvang, de aanwezige soorten en het aantal benodigde veldbezoeken.
> Lees meer over hoe lang een omgevingsvergunning flora en fauna aanvraag duurt en wat de kosten zijn
Ja, dat is mogelijk. Binnen het Omgevingsloket kun je meerdere vergunningaanvragen tegelijk indienen als onderdeel van één omgevingsvergunning. Dit kan de procedure vereenvoudigen en vertragingen beperken. Een ecoloog kan samen met de vergunningverlener bepalen welke aanvragen gecombineerd kunnen worden.
Conclusie: Betrek vroegtijdig een ecoloog bij een omgevingsvergunning
Vroegtijdig rekening houden met de vergunningplicht voorkomt vertraging en onverwachte kosten. Door vroeg in het proces ecologische expertise te betrekken weet je waar je aan toe bent, voorkom je stillegging van werkzaamheden en werk je aantoonbaar volgens de wet. Een omgevingsvergunning is daarmee geen obstakel, maar een instrument om projecten zorgvuldig en verantwoord uit te voeren.
Concluderend is een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten nodig zodra werkzaamheden beschermde soorten of hun leefomgeving aantasten en dit niet volledig kan worden voorkomen. Door de zorgplicht serieus te nemen en op tijd ecologisch onderzoek te laten uitvoeren, ontstaat duidelijkheid en ruimte om projecten soepel te laten verlopen.
Wil je dat we meedenken met je project of bij de aanvraag van een omgevingsverguning? Neem contact met ons op voor een vrijblijvend advies.
