Wat is eDNA-onderzoek en wanneer wordt dit gebruikt?
Leestijd: 6 minuten
Publicatiedatum: 3 september 2026
Auteur: Sander Hartog
Ecologisch onderzoek wordt steeds verfijnder. Zo is er sinds 7 maart 2025 een nieuwe methodiek in Nederland beschikbaar, namelijk het opsporen van soorten via DNA-sporen die ze achterlaten in hun omgeving. Deze techniek heet eDNA en wint snel aan terrein in de ecologische praktijk. In deze blog leggen we uit wat eDNA precies is, hoe het werkt, voor welke soortgroepen het wordt ingezet en wat de mogelijkheden én beperkingen zijn.
Wat is eDNA voor methode?
Levende dieren laten regelmatig genetisch materiaal achter in hun omgeving. Dit kan bijvoorbeeld via huidcellen, slijm, speeksel, uitwerpselen of urine. Zo verspreidt een dier onzichtbare sporen van zijn aanwezigheid in het water, in de bodem, in de lucht of op oppervlakken. Die verzameling genetisch materiaal uit de omgeving noemen we environmental DNA, afgekort als eDNA. Door een monster te nemen van die omgeving (een schep water, een bodemstaal, een luchtfilter of een swab van een oppervlak) en dat te analyseren in een laboratorium, kan worden vastgesteld welke soorten aanwezig zijn of zijn geweest. Daarvoor is het dier zelf niet nodig. Je hoeft het niet te zien, niet te vangen en niet te verstoren. Het DNA in het monster vertelt als het ware het verhaal.
De techniek is niet nieuw in de medische wereld wordt DNA-analyse namelijk al decennialang toegepast, maar de toepassing in de ecologie heeft de afgelopen jaren een vlucht genomen. Betere analyseapparatuur, lagere laboratoriumkosten en de beschikbaarheid van grote referentiedatabanken met bekende DNA-sequenties van soorten hebben eDNA-onderzoek toegankelijk en betrouwbaar gemaakt.
Hoe werkt eDNA-onderzoek in de praktijk?
Een eDNA-onderzoek begint met het verzamelen van genetisch materiaal uit de omgeving. Afhankelijk van de onderzoeksvraag kan dat bijvoorbeeld een water-, bodem- of luchtmonster zijn. Het monster wordt vervolgens zorgvuldig geconserveerd en naar een gespecialiseerd laboratorium gestuurd.
Globaal bestaat het onderzoek uit de volgende stappen:
- Monstername, er wordt gericht een monster verzameld uit bijvoorbeeld een sloot, poel, bodem of lucht.
- Laboratoriumanalyse, het DNA wordt uit het monster gehaald en met geschikte analysetechnieken onderzocht. Bij veel onderzoeken wordt hiervoor PCR (polymerasekettingreactie) gebruikt, waarbij specifieke stukjes DNA worden vermenigvuldigd zodat ze kunnen worden gedetecteerd.
- Soortbepaling, de gevonden DNA-profielen worden vergeleken met bekende DNA-profielen om vast te stellen van welke soort het materiaal afkomstig is.
- Interpretatie, de resultaten worden beoordeeld in combinatie met de onderzoeksvraag en de omstandigheden op de onderzoekslocatie.
Bij watermonsters speelt daarnaast de afbraak van eDNA een belangrijke rol. Temperatuur, zonlicht, stroming en andere omstandigheden kunnen bepalen hoe lang DNA in het water aantoonbaar blijft. Een positieve detectie toont aan dat DNA van een soort in het monster aanwezig is, maar zegt niet automatisch wanneer de soort daar aanwezig was of hoeveel dieren er voorkomen.
Wat is contaminatie?
Een belangrijk aandachtspunt bij eDNA-onderzoek is contaminatie. DNA kan tijdens de monstername of verwerking onbedoeld in een monster terechtkomen, denk bijvoorbeeld aan DNA van de onderzoeker zelf. Daarom zijn zorgvuldig werken, schone materialen en geschikte controlemonsters belangrijk om betrouwbare resultaten te verkrijgen.
Voor welke soortgroepen wordt eDNA ingezet?
eDNA is vooral sterk op het gebied van watergebonden soorten. Water kan DNA-sporen van dieren door een waterlichaam verspreiden, waardoor met relatief kleine monsters aanwijzingen over de aanwezigheid van soorten kunnen worden verkregen. De methode wordt inmiddels toegepast voor verschillende soortgroepen, maar de betrouwbaarheid en toepasbaarheid verschillen per soort en onderzoeksvraag.
Kamsalamander
De kamsalamander is een van de soorten waarvoor eDNA-onderzoek in Nederland goed is ontwikkeld. Deze beschermde amfibie plant zich voort in onder meer poelen en sloten en laat daarbij DNA-sporen achter in het water. Door op geschikte momenten watermonsters te nemen en deze in het laboratorium te analyseren, kan de aanwezigheid van kamsalamander worden onderzocht.
Voor kamsalamander bestaan gestandaardiseerde methoden voor eDNA-onderzoek. Een positief resultaat is een sterke aanwijzing dat de soort in het onderzochte waterlichaam aanwezig is of recent aanwezig is geweest. Een negatief resultaat sluit aanwezigheid echter niet volledig uit, bijvoorbeeld wanneer de soort in lage aantallen voorkomt of het DNA onvoldoende detecteerbaar is.
Vissen
Ook voor vissen wordt eDNA steeds vaker gebruikt. De methode kan bijvoorbeeld worden ingezet bij soorten die moeilijk met “traditionele technieken” zijn vast te stellen. Een belangrijk voordeel is dat met relatief weinig verstoring informatie over de aanwezigheid van soorten kan worden verzameld.
Middels het zogenoemde metabarcoding kunnen meerdere soorten tegelijkertijd worden onderzocht. Daarmee kan een watermonster informatie opleveren over de visgemeenschap. eDNA kan traditioneel visonderzoek aanvullen, maar is niet in iedere situatie geschikt. De juiste methode hangt af van de soort, de onderzoeksvraag en de benodigde zekerheid.
> Lees meer over vissenonderzoek in Nederland: wanneer is het nodig en hoe gaat dat?
Andere amfibieën en watergebonden soorten
Ook bij andere amfibieën wordt eDNA toegepast of verder ontwikkeld. Denk bijvoorbeeld aan de vroedmeesterpad, geelbuikvuurpad en knoflookpad die terug op de kaart is gezet. De mate waarin eDNA voor deze soorten praktisch toepasbaar is, verschilt per soort.
> Lees meer over amfibieënonderzoek in Nederland: verplichtingen en verloop in de praktijk
De belangrijkste conclusie is daarom dat eDNA vooral een waardevolle aanvulling op ecologisch onderzoek is. Welke methode het meest geschikt is, wordt bepaald door de soort, de locatie en de vraag die met het onderzoek moet worden beantwoord.
De juiste methode voor de juiste soort
Niet iedere soort laat zich op dezelfde manier vinden. Daarom combineren we traditionele veldmethoden waar nodig met technieken zoals eDNA, zodat je project beschikt over een passende ecologische onderbouwing.
eDNA bij vleermuizen: een nieuwe standaard bij spouwmuurisolatie
Bij het isoleren van spouwmuren bestaat het risico dat vleermuizen worden verstoord of dat verblijfplaatsen verloren gaan. Daarom moet vooraf worden vastgesteld of vleermuizen gebruikmaken van de spouw. Waar dit voorheen vooral gebeurde met uitgebreid vleermuisonderzoek, kan sinds 7 maart 2025 ook eDNA worden ingezet als erkende maatregel binnen de landelijke aanpak voor natuurvriendelijk isoleren.
De methode werkt relatief eenvoudig. Rond openingen, kieren en andere mogelijke invliegplaatsen worden met een spons sporen verzameld die vleermuizen hebben achtergelaten. Denk daarbij aan huidcellen, urine en andere biologische resten. Het materiaal wordt vervolgens in een laboratorium onderzocht op vleermuis-DNA. Zo kan worden vastgesteld of er aanwijzingen zijn dat vleermuizen de spouw gebruiken of hebben gebruikt. Een belangrijk voordeel van eDNA is dat het onderzoek sneller kan worden uitgevoerd dan een volledig traditioneel vleermuisonderzoek. Er zijn geen meerdere nachtelijke veldbezoeken verspreid over het seizoen nodig om alleen de aanwezigheid van vleermuizen in de spouw vast te stellen. Uit onderzoek is gebleken dat eDNA voor deze specifieke toepassing voldoende betrouwbaar is om aanwijzingen voor vleermuisgebruik op te sporen.
> Bekijk onze dienst: Vleermuisonderzoek of lees meer over wat een vleermuisonderzoek is en wanneer je dit moet uitvoeren
De uitslag bepaalt vervolgens welke vervolgstap nodig is:
- Negatieve eDNA-test, de woning kan veelal volgens de huidige landelijke afspraken worden geïsoleerd zonder aanvullende maatregelen.
- Positieve eDNA-test, er zijn aanwijzingen dat vleermuizen aanwezig kunnen zijn. De eigenaar moet dan contact opnemen met de provincie en in de meeste gevallen is aanvullend ecologisch onderzoek en een omgevingsvergunning nodig.
De erkenning van eDNA betekent niet dat de methode het traditionele vleermuisonderzoek overal vervangt. De erkende toepassing is specifiek gericht op het aantonen van aanwijzingen voor vleermuizen bij het na-isoleren van spouwmuren van grondgebonden woningen. Voor andere projecten en onderzoeksvragen, zoals het in kaart brengen van kraamverblijfplaatsen, vliegroutes of foerageergebieden, kunnen andere onderzoeksmethoden noodzakelijk blijven.
> Lees meer over wat te doen bij het aantreffen van vleermuizen tijdens bouw of verbouwing
Wat zijn de beperkingen van eDNA?
eDNA is een krachtige en steeds breder toegepaste onderzoeksmethode, maar het is geen wondermiddel. De betrouwbaarheid van de methode hangt sterk af van de soort, de omgeving, de manier van bemonsteren en de onderzoeksvraag.
Een aantal beperkingen is daarom belangrijk om rekening mee te houden:
Degradatie en verspreiding
eDNA breekt in de omgeving geleidelijk af. Hoe snel dat gebeurt, hangt onder meer af van temperatuur, licht, zuurgraad en andere omgevingsfactoren. In stromend water kan DNA bovendien worden meegevoerd, waardoor een positieve detectie niet altijd betekent dat de soort precies op het meetpunt aanwezig is.
Detectiegrens bij lage dichtheden
Wanneer slechts weinig dieren aanwezig zijn, kan de hoeveelheid DNA in een monster te laag zijn om te detecteren. Een negatief resultaat betekent daarom niet automatisch dat een soort afwezig is. De kans op detectie hangt onder andere af van de hoeveelheid DNA die een soort achterlaat, de monstername en de gevoeligheid van de analysemethode.
Het juiste moment en de juiste methode
Ook bij eDNA zijn timing en onderzoeksmethode belangrijk. Bij sommige soorten is de kans op detectie in bepaalde perioden groter, bijvoorbeeld wanneer dieren actief zijn in het water of zich daar voortplanten. De geschikte onderzoeksperiode en bemonsteringsmethode verschillen daarom per soort en onderzoeksvraag.
Geen universele vervanging voor traditioneel onderzoek
eDNA is voor sommige soorten al goed ontwikkeld en kan in specifieke situaties een volwaardige onderzoeksmethode zijn. Voor andere soorten en toepassingen is de methode nog minder ver ontwikkeld of gelden specifieke voorwaarden. Bij landgebonden soorten en bij onderzoeksvragen waarbij bijvoorbeeld gedrag, verblijfplaatsen of vliegroutes moeten worden vastgesteld, blijven traditionele veldmethoden noodzakelijk.
Contaminatie
Zoals eerder benoemd is contaminatie ook een extra aandachtspunt. DNA van een andere locatie of een andere factor kan onbedoeld in het onderzoek terechtkomen. Zorgvuldige monstername, schone materialen en geschikte controles zijn daarom essentieel om betrouwbare resultaten te verkrijgen.
Conclusie: eDNA is een waardevolle aanvulling binnen ecologie
eDNA-onderzoek heeft de afgelopen jaren een stevige positie verworven in de ecologische onderzoekspraktijk. De methode is snel, relatief goedkoop en voor dieren niet-verstorend. Dat is een combinatie die hem aantrekkelijk maakt voor een breed scala aan toepassingen. Tegelijk vraagt eDNA om zorgvuldige uitvoering en interpretatie. Een negatief resultaat is geen vrijbrief, een positief resultaat vraagt om ecologische context en de techniek is niet voor elke situatie of soortgroep even ver ontwikkeld. Een ecoloog die weet wanneer eDNA meerwaarde biedt en wanneer traditioneel veldonderzoek de voorkeur verdient, maakt het verschil.
Twijfel je of eDNA-onderzoek voor jouw project een optie is, of wil je weten welk ecologisch onderzoek in jouw situatie het meest passend is? Neem gerust contact met ons op voor vrijblijvend advies.
