Vergunningen en ecologie: waar moet je rekening mee houden?
Leestijd: 6 minuten
Publicatiedatum: 9 maart 2026
Auteur: Sander Hartog
Je wilt beginnen met je project. De plannen liggen klaar, de aannemer staat in de startblokken en dan blijkt ineens dat er een ecologische vergunning nodig is. Voor veel initiatiefnemers komt dat misschien als een verrassing. In deze blog leggen we uit wanneer een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten vereist is, hoe het proces werkt en waar je als initiatiefnemer rekening mee moet houden.
Ecologische vergunningen, hoe zit dat wettelijk?
Sinds de doorvoering van de Omgevingswet op 1 januari 2024 is de regelgeving rondom natuur en vergunningen opnieuw ingericht. De voormalige Wet natuurbescherming (Wnb) is opgegaan in de Omgevingswet, maar de bescherming van soorten is hiermee niet verdwenen, integendeel. De bescherming van flora en fauna is stevig verankerd in het Besluit activiteiten leefomgeving (Bal), dat onderdeel is van de Omgevingswet.
Concreet betekent dit dat activiteiten die gevolgen kunnen hebben voor beschermde dieren of planten, benoemd worden als flora- en fauna-activiteiten. Wie zo’n activiteit uitvoert zonder de juiste vergunning, overtreedt de wet. Dit geldt zowel voor overheden en bedrijven als voor particulieren. De wet maakt daarin geen onderscheid.
> Lees meer over soortenbescherming in Nederland: wat betekent de Omgevingswet voor jouw project?
Wanneer heb je een omgevingsvergunning nodig?
Niet elke activiteit in de buurt van natuur vereist automatisch een vergunning. Of een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten nodig is, hangt af van de specifieke situatie. Het doorlopen van het stappenplan hieronder helpt om te bepalen of een omgevingsvergunning verplicht is.
Vier stappen om vergunningsplicht te bepalen:
- Verkenning of er beschermde soorten aanwezig zijn
De eerste stap is altijd het in kaart brengen van beschermde soorten op de locatie. Dit gebeurt door een ecologisch deskundige, vaak via een ecologische quickscan. Er wordt beoordeeld welke soorten mogelijk aanwezig zijn en of de geplande werkzaamheden risico’s met zich meebrengen.
> Bekijk onze dienst: Ecologische quickscan - Vervolgonderzoek naar beschermde soorten
Is er sprake van (mogelijke) beschermde soorten? Dan wordt beoordeeld of de werkzaamheden daadwerkelijk schadelijk zijn. Denk aan verstoring van verblijfplaatsen, nestlocaties of foerageergebieden. Als er sprake is van potentiële risico’s, moet er verder worden gekeken naar maatregelen of een vergunning.
> Bekijk onze dienst: Soortenonderzoek in detail - Het nemen van mitigerende maatregelen
Vaak is schade te voorkomen of te beperken door gerichte maatregelen te treffen, zogeheten mitigerende maatregelen. Denk aan het plannen van werkzaamheden buiten het broedseizoen, het vermijden van vaste verblijfplaatsen of het tijdelijk afsluiten van een groeiplaats van beschermde planten. Als de schade met mitigerende maatregelen volledig kan worden voorkomen, is een vergunning niet altijd nodig. - Gebruik maken van een gedragscode bij terugkerende werkzaamheden
Voeren organisaties structureel dezelfde werkzaamheden uit? Dan kan een goedgekeurde gedragscode voor flora- en fauna-activiteiten vrijstelling bieden van de vergunningplicht. Hierin staan protocollen beschreven voor hoe werkzaamheden moeten worden uitgevoerd om beschermde soorten te beschermen.
💡 Leiden de eerste vier stappen niet tot een vrijstelling, dan is een omgevingsvergunning meestal verplicht.
Wat zijn de voorwaarden voor een omgevingsvergunning?
Bij het aanvragen van een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten moet je als initiatiefnemer aan een aantal voorwaarden voldoen. De kern daarvan is dat de activiteit geen blijvend negatief effect mag hebben op de staat van instandhouding (SvI). Simpel gezegd: dieren en planten mogen niet slechter af zijn door jouw project.
Om aan te tonen dat hieraan voldaan wordt, moet een projectplan worden meegestuurd met de aanvraag. Daarin staat:
- Welke beschermde soorten aanwezig zijn op de locatie.
- Welk effect de activiteit mogelijk heeft op deze soorten.
- Waarom negatieve gevolgen mogelijk niet volledig te voorkomen zijn.
- Welke alternatieven zijn overwogen, zoals een andere werkwijze, een andere locatie of een ander moment in het jaar.
- Welke maatregelen worden genomen om de soorten zo goed mogelijk te beschermen.
Daarnaast geldt een zogenaamde belangentoets. Je moet kunnen aantonen dat de activiteit wordt uitgevoerd vanwege een erkend belang. Dat kan gaan om volksgezondheid of openbare veiligheid, het beschermen van natuurlijke habitats, het voorkomen van ernstige schade aan eigendommen of gewassen, of het in stand houden van de natuur zelf. Wie dit belang niet kan onderbouwen, krijgt de vergunning meestal niet.
Wie beoordeelt jouw vergunningaanvraag?
In de meeste gevallen is de provincie het bevoegd gezag voor de omgevingsvergunning flora- en fauna-activiteiten. RVO (Rijksdienst voor Ondernemend Nederland) behandelt aanvragen voor werkzaamheden aan nationale infrastructuur, zoals hoofdwegen en spoorlijnen.
Je dient de aanvraag digitaal in via het Omgevingsloket. Na indiening van een volledige aanvraag geldt een standaard behandeltermijn van 8 weken. Als meerdere bevoegde gezagen betrokken zijn, loopt die termijn op tot 12 weken. Is de aanvraag onvolledig, dan wordt de behandeling gepauzeerd totdat alle benodigde informatie is aangeleverd. Loop alles dus goed na voordat je de aanvraag verzend, zodat je eventuele vertraging voorkomt.
Heb je hulp nodig bij je aanvraag? Bekijk dan onze dienst: Omgevingsvergunning Flora en Fauna activiteiten
Wat kost een omgevingsvergunning?
De kosten van een omgevingsvergunning zijn niet landelijk vastgesteld. Elke gemeente in Nederland stelt namelijk zijn eigen legesverordening vast, waarin de tarieven zijn bepaald voor het in behandeling nemen van vergunningaanvragen. Dit is geregeld op basis van de Gemeentewet en de Omgevingswet.
Voor bouwgerelateerde activiteiten worden de leges doorgaans berekend als een percentage van de bouwsom. Hoe hoger de bouwkosten, hoe hoger de leges, al hanteren veel gemeenten zogenoemde staffelprijzen waarbij het percentage per schijf varieert. Rotterdam hanteert bijvoorbeeld een tarief dat begint vanaf 0,86% van de bouwsom voor kleinere projecten, oplopend naar hogere percentages voor grotere bouwsommen. Andere gemeenten hanteren andere percentages en schijven, waardoor de kosten per locatie kunnen verschillen.
Het is daarom altijd verstandig om bij de betreffende gemeente of provincie op te vragen welke leges van toepassing zijn, nog voordat je de aanvraag indient. Zo kom je niet voor onverwachte kosten te staan. Let daarbij op dat de legeskosten alleen de behandelingskosten voor de overheid betreffen. De kosten voor het ecologisch onderzoek en het opstellen van het projectplan komen daar nog bovenop.
De zorgplicht is altijd van kracht (ongeacht je vergunning)
Zelfs als uit onderzoek blijkt dat er geen vergunning nodig is, geldt er altijd een zorgplicht. Die is vastgelegd in de Omgevingswet en stelt dat iedereen die werkzaamheden uitvoert, verplicht is om de natuur zo min mogelijk te verstoren en schade te beperken waar mogelijk.
De zorgplicht is niet vrijblijvend. In de praktijk betekent het dat je als initiatiefnemer altijd de verantwoordelijkheid draagt om
alert te zijn op de aanwezigheid dieren en planten, ook als er bij een quickscan geen aanwezige zwaarder beschermde soorten zijn gesignaleerd. Wordt er tijdens de uitvoering alsnog een beschermde soort aangetroffen, dan moeten de werkzaamheden worden gestaakt totdat duidelijk is hoe het project verder voortgezet kan worden.
> Lees meer over praktische maatregelen om schade aan flora en fauna te voorkomen of lees onze blog over wat je moet doen bij het aantreffen van vleermuizen tijdens bouw of verbouwing
Waarom een ecologisch adviesbureau inschakelen?
Het vergunningstraject rondom flora en fauna is voor veel initiatiefnemers onbekend terrein. De combinatie van ecologisch onderzoek, juridische toetsing en afstemming met het bevoegd gezag vraagt om specifieke kennis. Een ecologisch adviesbureau helpt je om dit traject gestructureerd te doorlopen, van de eerste quickscan tot aan een complete aanvraag.
Vroegtijdig ecologisch advies aanvragen heeft bovendien een praktisch voordeel: het voorkomt dat je later in het project voor onverwachte obstakels komt te staan. Een vergunningstraject dat in een vroeg stadium wordt gestart, heeft minder kans op vertraging dan een traject dat pas in gang wordt gezet als de aannemer al klaarstaat.
En nogmaals, als je wilt weten of voor jouw project een vergunning nodig is, dan is een ecologische quickscan meestal de beste eerste stap. Die laat snel zien wat de risico’s zijn en wat je daarna moet doen.
Conclusie: Vergunningen en ecologie zijn onlosmakelijk verbonden
Wie bouwt, sloopt, renoveert of een terrein herontwikkelt, heeft in veel gevallen te maken met de ecologische regels die in de Omgevingswet staan. Een omgevingsvergunning voor flora- en fauna-activiteiten is niet zomaar een gemakkelijke stap, maar een inhoudelijk toetsingstraject waarbij aangetoond moet worden dat beschermde soorten ook daadwerkelijk voldoende worden beschermd.
Door ecologisch onderzoek en vergunningverlening vroegtijdig op te pakken, zorg je ervoor dat je project op tijd en binnen de wet uitgevoerd kan worden. Wil je weten wat er voor jouw project nodig is? Of heb je hulp nodig bij het aanvragen van een omgevingsvergunning? Neem contact met ons op voor een vrijblijvend advies, we denken graag met je mee.
